The phrase means: “what it implied for the Pentagon as a whole” = 「国防総省全体にとってそれが何を意味していたか」, and “AI was going to war, and the whole of the Department of Defense was going to send it there” = 「AIが戦争に投入され、国防総省全体がそれをそこへ送り込むことになる」 という意味です.

自然な日本語にすると、こんな感じです。

「それがペンタゴン全体にとって意味していたのは、AIが戦争に投入され、国防総省全体がそれを戦場へ送り出すことになる、ということだった。」

くわしいニュアンス

  • what it implied for A as a whole
    「A全体として何を示唆していたか」「A全体にどんな影響を意味していたか」

  • go to war
    文字通りの「戦争に行く」ではなく、ここでは「戦争に使われる」「軍事目的で投入される」のニュアンスです.

  • send it there
    「それをそこへ送り込む」ですが、文脈上は「AIを軍事現場に配備する」「戦場で使う」と読むのが自然です.

もっとやさしく言うと

この文は、
“AIはもはや民間の技術ではなく、米軍全体が本気で戦争に組み込む対象になる”
という重い含みを持っています.

単語の対応

英語| 日本語の目安
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what it implied| それが示唆していたこと
for the Pentagon as a whole| ペンタゴン全体として
AI was going to war| AIが戦争に投入される
the whole of the Department of Defense| 国防総省全体
was going to send it there| それをそこへ送り込むことになる

必要なら、この一文を英語のまま文法解説 することもできます。